La commune est créée le à la suite d'un arrêté préfectoral du par la fusion des communes de Hauterive-la-Fresse, La Longeville, Montbenoît, Montflovin et Ville-du-Pont. Le chef-lieu de la commune nouvelle est fixé à la mairie de l'ancienne commune de Montbenoît.
Située dans le département du Doubs, en région Bourgogne-Franche-Comté, la commune s'étend sur une superficie de 46,52 km². Elle est traversée par la vallée du Doubs, également appelée Val du Saugeais, et est délimitée au sud-est par la frontière suisse, matérialisée par le massif du Larmont.
La commune de Pays-de-Montbenoît compte une population d'environ 1 952 habitants.
Cette commune est riche en histoire, notamment avec l'Abbaye de Montbenoît, fondée au XIIᵉ siècle, qui constitue un site emblématique du patrimoine local.